삼국시대 신라와 고구려의 국경지대로 고려시대 큰 절터로만 전해오던 연곡리 비립동에 21세기를 앞두고 우리나라의 무궁한 발전과 민족의 숙원인 통일을 기원하는 동시에 전통목조 건축문화를 재현함으로써 다음 세대에게 문화민족의 긍지를 심어주기위해 건립했다.

1991년도 고건축 문화재 팀이 이곳을 답사하고 신영훈 문화재 전문위원회 감독아래 1992년 5월에 착공하여 건축한 것으로, 1층에는 심주를 중심으로 사방불을 모시고 2층에는 경전을 모셨으며 3층에는 미륵3존불을 모셨다.

보탑사라 이름한 뜻은 법화경 견보탑품에 의하면, 석가모니 부처님의 법문을 다보여래께서 증명하고 찬탄하기 위해 칠보탑이 솟아오르는 것을 보여주신 것과 관련, 그에 미치지는 못하지만 보배탑을 세움으로서 모든 사람의 가슴에 부처님의 가르침을 심어주는 자비심으로 가득 채우고 행복해지기를 바라는 뜻에서라 한다.

* 층별형태
1층 금당(金堂) - 심주를 중심으로 석가여래, 비로자나불, 아미타불, 약사여래를 모신 보탑사의 본당.
2층 법보전(法寶殿) - 불, 법, 승 3보중의 법보, 즉 석가세존의 가르침인 8만대장경을 봉안하는 법당.
3층 미륵전(彌勒殿) - 석가 세존께서 열반에 드신뒤 부처님이 안 계신 세상이 계속되다가 장차 이땅에 오시어 새로운 정법(正法) 시대를 여실 미래불인 미륵불을 모시는 법당.
한편, 보탑사의 주지는 능현(법명)스님 김점자로 부지규모 4천여평에 연면적은 500㎡(170평), 탑높이 54m(목탑 33.3m, 상륜부 20.8m)의 사찰를 관리하고 있으며 경내에는 보물 404호인 백비와 연곡사지 3층석탑이 현존하고 있다.